صورت جلسه ای که توسط هیئت مدیره استقلال تصویب شده بود که مبنی بر برکناری سرمربی تیم بود با حواشی زیادی مواجه شد.براساس پیگیری‌ها مشخص شد برخی اعضای هیات مدیره و مدیرعامل باشگاه از ابتدا مخالف برکناری جواد نکونام بودند و تمایل به تعامل با سرمربی استقلال داشتند که اصرار به این مخالفت در نهایت منجر به این مصوبه شد.
صورت جلسه ای که برکناری نکونام را تصویب کرده بود خطیر قبول نداست.
این افراد اعتقاد دارند که جواد نکونام جز چهره های بین المللی فوتبال ایران می باشد و می تواند در آینده جز مربیان جوان و با آتیه فوتبال ایران باشد.در واقع مدیریت باشگاه استقلال به سرمربی این تیم مانند یک سرمایه داخلی نگاه می‌کند که حفاظت از او می‌تواند شرایط خیلی خوب و بهتری را در آینده به وجود بیاورد. این گروه معتقدند قطع همکاری با نکونام نه به نفع استقلال است و نه به سود فوتبال ایران، همین مساله باعث شد مدیرعامل باشگاه با اینکه از روز ۱۳شهریور مصوبه برکناری جواد نکونام را دریافت کرده بود هیچ اقدامی انجام ندهد تا سرانجام با سرمربی تیم به تعامل لازم برسد.
